对于这五百零二人的编制问题，严亦飞决定参照戚继光在隆庆年间以都督同知衔总理蓟州、昌平、保定、辽东四镇时的营兵编制。
首先最小的作战编制为伍，顾名思义即每五人编为一伍，设伍长一人，均由严亦飞原来的六十几名战兵或者是第一批上岛参加军训的新兵中杰出之人挑选而来。
伍以上设队，每队下辖两伍，共十人，队长不单独设制，而是同时兼任另一伍的伍长。每名队长至少都是由严亦飞带到石城岛上的战兵充任。
队以上又设旗队，一旗队下辖三队，单独设置一名旗队长，每旗队共计三十一人。旗队长都由原来战兵中的伍长或是队长充任。
旗队以上则设把总，每把总下辖三个旗队，设把总一名，副把总一名，均单独设置，另外每把总还设有五名护卫兼职传令兵，也作为该把总最后的预备队使用。
严亦飞的军中现在一共设置了五个把总，分别是两个长枪把总，两个鸟铳把总，以及一个刀盾把总。
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其中长枪甲把总由严亦飞亲领，长枪乙把总则由范思达担任主官。长枪甲把总和长枪乙把总组成为长枪千总，暂时由严亦飞兼任千总，下一步严亦飞打算等范思达的经验再丰富些，威望再提高一些之后，这个长枪千总就由他来担任。
鸟铳甲把总主官为卢庆瑜，鸟铳乙把总主官为李泽坤。鸟铳甲把总和鸟铳乙把总编成鸟铳千总，而千总的人选自然是老牌火器军官卢庆瑜。
这些人选都没有什么异义，只是刀盾把总原来的两名军官中，孙滨在镇江之战失踪，严亦飞估计应该是殉国或是被俘了。而胡常平现在则被派出去山东购买粮食。
而且其实胡常平这个人脑袋灵活，善于交际，按今天的话说就是情商很高。但是领兵打仗却是平平常常，所以严亦飞下一步也没打算继续让他留在军队里，而是打算让他成为外交联络员一类的角色。
所以严亦飞在原有的刀盾战兵中挑选了一个名为刘大江的老兵成为新任刀盾把总。这人三十多岁，身材壮硕，从军已经十多年，战争经验丰富，平素话不多，却很能服众，在士兵中威望很高。确实也是一个非常合适的军官人选。
不过刀盾把总的编制却和其他几个把总有所不同，刀盾把总下辖两个满编刀盾旗队，编制与其他旗队都完全相同。
但是同时还编有一个弓箭旗队，由原来战兵中擅用弓箭之人，以及一些辽东百姓中拥有弓箭的猎户组成。因为有弓箭的人很少，总共只二十七人，因此这个旗队并不满编。他们将作为鸟铳射击间隙重要的远程火力的补充。
最后，严亦飞还单独设立了一个骑兵旗队，由他直接管辖，而旗队长自然是张松岩，这名首战石城岛时走位灵活最终得以保命的夜不收给严亦飞留下了深刻的印象。
不过他的骑兵旗队此时只有十六人。一方面严亦飞手下的兵士或是百姓当中，能够熟练骑马的人还是太少，另一方面严亦飞的马匹也并不多，只有几十匹。
除了十几匹马分散到各个把总之中，用以军官乘用以及快速传递消息以外。剩下的马匹都给到了骑兵旗队，这样骑兵旗队就可以做到一人三马。
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在严亦飞的设想之中，目前这个阶段，骑兵旗队人数太少，并不能用作正面冲击敌阵之用。更多的作用还是用来侦查敌情，也就是充做此时的夜不收。
再严亦飞教授了张松岩一些后世军队中的侦查学知识之后，张松岩有如茅塞顿开一般开悟了，每日带着他这十几名骑兵在岛上神出鬼没，一会爬上山一会钻入树林。
到最后他们已经不满足于只在石城岛上折腾了，在张松岩的请求下，严亦飞拨给了他们一只租借于岛上原住民的小渔船，这骑兵旗队的折腾范围就扩大到了周边岛屿甚至是辽东半岛之上。
……
在编练成军三天之后，严亦飞开始在下午为新兵们增加了冷兵器的练习。
严亦飞暂时只让他们训练长枪与腰刀。长枪兵和刀盾兵自然各自练习长枪和刀盾的技艺，而鸟铳兵由于现在总共只有十几支鸟铳可用，所以严亦飞也先安排他们使用腰刀训练，毕竟即使以后有了足够的鸟铳，他们也需要随身携带腰刀作为防身之用。
至于个人手中的兵器嘛，则是由岛上的铁匠和几个兵器匠人在这些天中赶工制作出来，也幸好岛上有一个铁匠铺，存有将近千斤的铁料，为周边的岛民渔民提供相关的服务，否则严亦飞还要犯愁铁料的来源。
长枪的制作相对简单些，只需要铸造出枪头，再配上一根一丈多长的白蜡杆即可组装成型，因此在短时间内就制作出了二百支长枪。
腰刀的生产则复杂一些，此时实在是来不及打制足量的腰刀，因此只能暂时二人共用一把腰刀进行训练。
众新兵们一一分到兵器，人人都是十分的兴奋严亦飞先教众人枪术，拿了一根长枪，走到众人面前，大声说道：“大家都好都看好了！”
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随后摆了个侧身起手的姿势，猛然一声大喝：“杀！”
只见他快步上前，持枪按照戚继光《绩效新书》中的要求，瞬间刺中了前方二十步一个人形木靶的目、喉、心、腰、足五处，这些似乎都在一眨眼间完成，动作一气呵成，有如行云流水一般。
下面众新兵响起了一片叫好之声，很多人都是由衷地赞叹道：“守备大人真是好枪法！”
随后严亦飞对众人说道：“我相信有很多人会问，如何能够达到这样的枪法，其实无他，唯有熟练尔，你们如我这样每日练习一百次、两百次，几个月之后便能和我一样熟练了。”
其实严亦飞这套动作并不是来源于戚家枪法，反而是来源于后世的防爆棍术，与很多人想象中不同的是，后世防爆棍术是以戳击作为主攻的手段，这其实和长枪的刺杀有着异曲同工之妙，也因此严亦飞耍起长枪来，也是得心应手。
考虑到这些新兵们都没学过武艺，而复杂的招式练习一来并不好学习，只会让这些新兵们混乱，二来战阵之上复杂的东西也是无用。所以严亦飞决定从自己枪术中选出最简单的一招，教他们一些简单有效的杀敌技艺，在战场上的招式往往越简单越有效，只要反复练习，就可以发挥出巨大的威力。
最后决定的一招，就是刺！而且这一招还分解为两个步骤，第一步，侧身握枪，第二步，瞄准自己右侧的目标，用力突刺。以后每天严亦飞就让新兵们反复练习这两个动作，直到他们动作练得标准而纯熟。
至于腰刀的练习，也是同样一招，分为两步走
，第一步是举刀，第二步劈下。至于举刀到什么位置，劈砍至什么角度，严亦飞也都做了十分细化的规定。
至于鸟铳的练习，由于现在严亦飞手中只有十几支鸟铳，所以只能是二百名鸟铳兵轮流放上一、两枪感受一下。
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至于下一步的鸟铳来源，等翟树林自造自然是一个办法，不过今年的生产的速度肯定暂时跟不上。那日与严亦飞详谈之后，翟树林在严亦飞派给他的几十名百姓当中，选取了二十几名有制作天赋的人收作了学徒，今年剩余的时间里，翟树林能把未来制式的样枪的形制确定好，并把这些学徒带出来，严亦飞就已经满足了。
至于年底那场战事所用到的鸟铳，严亦飞思来想去还是决定修书一封，给远在广宁的张铨送去，希望他能够给自己划拨两百支合格的鸟铳。
其实这对于张铨来说其实也不是什么难事，因为辽东库存的鸟铳众多百姓，在萨尔浒战后，明廷盘点剩余的武器库存，发现辽东各地库房里竟然还存有六千四百二十五支鸟铳，纵使其中可能大部分质量不过关，但是从中挑出二百支质量合格的应该还是不难。
严亦飞知道，火器士兵的训练是一个重要的一个环节。在抗倭作战和明末对后金战争中，一些士兵的鸟铳，“往往敌在数百步外，即已打发。至敌近与大队齐来，却称火药放尽，铅子欠缺，或再装已迟，每由此而败，缘其故在于场操素无号令以节制之。”
因此，铳手的选拔本身就有一定的要求，往往遴选“短小伶便，手疾眼快，胆壮有力者”，而“粗蠢大汉及气弱之徒””则不宜任用。严亦飞的二百鸟铳手也是遵循着这个原则而选拔出来的。
在士兵选拔完成之后，对新兵进行鸟铳演放的训练是培养火器士兵军事技能和提高火器部队战斗力的最重要措施。选拔只是鸟铳部队建设的初级阶段，训练则使得士兵将潜在能力转变为现实战斗力。好在明末时期的火器士兵的训练和培养并不要求数学、物理等知识，这让严亦飞大大的松了一口气。
抗倭名将戚继光在《练兵纪实》一书中，根据实战经验对鸟铳手的训练制定了一套比较系统的方法，这个方法则被严亦飞奉为了圭臬。