小智一行人继续着旅行，而今天上午的时候，一只大嘴鸥飞了过来，留下一封信，信里说非常欣赏小智，认为小智是一位优秀的训练家，所以邀请他来挑战刚研究出来的对战系统，落款人是一位叫荣格的博士，而小智看到随附的地图后，发现荣格博士的研究所就在不远处，所以欣然接受了邀请，接着四人就向着研究所走去。
“不知道我什么时候能被大家认为是优秀的协调训练家”走的路上，小遥忍不住的说。
“只要继续努力，这一天一定会到来的”小智回头说道。
“嗯，离秋叶镇不远了，这次的华丽大赛缎带勋章，我一定会拿到手”小智说过不会参加这次华丽大赛，所以小遥握了握拳头斗志十足说道。
“那个就是研究所，还是第一次看到城堡式的研究所”这时一座建立在河畔的宏伟城堡出现在大家的眼前，小胜惊叹道。
“这些是什么，难道是照阴系统”城堡的门敞开着，小智一行走进后，就发现大理石铺就的地面上有很多半圆部分，小刚猜测道，不过这时的小智就没有听到小刚在说什么，而是看着前方，只见前方站立两个人，其中一人一头灰白的头发，身穿白色大褂，正是大木博士，不过小智的眼光则是被旁边倩丽的背影给吸引了，橙色单斜马尾辫，黄色短袖衫，加黄色短裤，背着一个海豹形的背包，正在和大木博士讨论着什么。
“小智这是怎么了”看到小智一言不发的向前走去，小胜不阴所以，小刚和小遥则在一旁笑着。
“小霞”终于走到了跟前，小智轻轻的环住身前的人喃喃道。
“小智”突然被人抱住，小霞想挣脱开，不过突然一声低喃使得小霞浑身一颤，随后靠进了一个温暖的怀抱，一颗泪珠悄悄的挂在小霞的眼角，不知是悲伤还是高兴，而波克基古也和皮卡丘它唠家常去了。
“哎呀，真是的，你们俩个好了”看到两人已经抱了五分钟还没有分开的趋势，被冷落的大木博士说道。
“没有，一辈子都不会好”小智应声回答。
“哎哎哎，好了，小智你到这里来应该是有事吧，小霞一时半会儿也不会离开你的，待会儿你们再聊”大木博士尴尬道。
“嗯”小智听到后，慢慢松开了怀抱，不过一只手抓着小霞。
“看来，小智到这里来，应该是受到荣格博士的邀请”小霞拿出一封信，笑着对小智说道。
“是的”小智也把那封信拿了出来。
“我听说荣格研究七年终于出成果了，所以就陪小霞一起来了，没想到会碰到你们”随后大木博士和小刚他们打招呼。
“小遥，我们终于见面了”小霞对小遥说道。
“是啊，之前只有在电话里见过。”
“原来小智每次煲电话粥都是和你啊”小胜也终于知道怎么回事。
“你就是小胜吧，见到你很高兴”小霞也和小胜打招呼。
“各位，我一直在等你们”就在这时，从屋里走出一位蓝色短发，身穿白大褂的人。
“荣格，好久不见了”大木博士看到来人高兴的说，原来眼前的这位就是研究出新的对战系统的荣格博士。
“呐呐呐，荣格博士，那个新的对战系统在什么地方”小胜这时已经迫不及待地想要见一见新的对战系统了。
“各位正身处其中”荣格博士说了一句让大家摸不着头脑的话，“接下来，我就展示给大家”随后博士拿出一个操纵装置，按了几个按钮后，庭院地上半圆突然发出亮光，并且之间有光线把他们连接到了一起，形成了一个一个的六边形，如同蜂巢一般。
“难道这就是幻影领域”大木博士对这个东西还是知道一点的。
“是的，他们可以在里面自由行动”荣格博士一边说着一边操纵着按钮，几道光线对撞到一起，在大家眼前出现了三只神奇宝贝。
“是镰刀盔、多刺菊石兽和太古盔甲”看着眼前的三只神奇宝贝，小刚非常惊讶。
“幻影神奇宝贝，也就是说，你的幻影系统已经完成了”大木博士惊讶道。
“是的，以神奇宝贝数据为基础，声音、智慧还有躯体，能组成神奇宝贝完整个体的系统，由此诞生的它，理所当然的称为幻影神奇宝贝”
“和真的神奇宝贝一样”小胜忍不住的走上前去，摸了摸多刺菊石兽，那冰冷的触觉，仿佛真正摸到硬壳一般。
“那是当然，不仅可以参与对战，灭绝的神奇宝贝，稀有的，甚至神秘的神奇宝贝，所有的神奇宝贝都能见到，换言之，这将促进神奇宝贝研究的飞跃发展，那么接下来”荣格博士说完后，三只化石神奇宝贝就消失了，代替的则是一只波士可多拉，“小智、小霞，有兴趣挑战我的幻影神奇宝贝吗”
“那是当然”小霞对此非常感兴趣，她还从来没有和丰缘地区的神奇宝贝交过手呢。
大家跟着荣格博士一起来到了一处对战场地，大木博士走到裁判的位置上，“马上将举行荣格博士与华蓝道馆馆主小霞的神奇宝贝对战，使用的神奇宝贝为一只，当有一方的神奇宝贝失去战斗能力的时候，比赛即为结束”
“去吧，我的宝贝”小霞看到对方已经准备就绪，接着派出自己的神奇宝贝。
“是美纳斯”看到小霞派出的神奇宝贝，小遥大吃一惊。
“不久前，小智告诉我，笨笨鱼可以通过携带绮丽鳞片通信进化，所以就有了现在的美纳斯”小霞看着美纳斯十分高兴，毕竟谁都无法抗拒美纳斯的美丽。
“女士优先，就由你先攻吧”荣格博士很绅士的把先攻权让给了小霞。
“美纳斯水炮”小霞也没有推脱，直接让美纳斯使用水炮，一道粗壮的水柱应声而出，直接命中了对面的波士可多拉，激起一阵烟尘。
“命中了，而且是效果拔群”小胜激动的喊道。
“吼”不过结果却出乎大家预料，烟雾散去，波士可多拉大吼了一声，完全看不出伤势。
“这怎么可能”大家看到后都非常不相信。
“波士可多拉使用沙尘暴”
“液体圈”面对波士可多拉的沙尘暴，美纳斯的周围出现了许多水圈，把美纳斯环绕起来，这样就把沙尘暴对美纳斯造成的伤害给抵消了。
“电磁波”
“美纳斯魔装反射”荣格博士看到沙尘暴没有什么作用，所以选择了干扰技能，可是美纳斯身体发出一道绚丽的白光，使用了魔装反射，电磁波直接被反弹了，波士可多拉反而被麻痹了。
“波士可多拉使用种子机关枪”就在一切按部就班，小霞看起来稳占上风的时候，荣格博士突然让波士可多拉使用了种子机关枪，黄绿色的种子朝着美纳斯喷射而去。
“什么”小霞看到种子机关枪大吃一惊，“使用暴风雪”不过随后就反应过来，让美纳斯使用了暴风雪，冰封了种子。
“这怎么可能，波士可多拉是不可能使用种子机关枪的”小胜这时立刻问道，这已经打乱了他的认知。
“因为它是一只幻影神奇宝贝，可以通过操控输入的数据，来自由改变属性和绝招”荣格博士解释道。
“如果是这样的话，那么就没有比下去的必要了，神奇宝贝是有生命的，每一种神奇宝贝都有自己独自的特点，正是他们各自的属性和特有的绝招，才使得神奇宝贝多彩多姿，你的系统如果是这样的话，那就根本没有研究的必要，它对神奇宝贝的研究没有任何的作用，它只是一堆数据罢了”小智听到荣格博士的解释后，就把小霞拉了回来，阻止了小霞继续战斗，因为他认为这是没必要的，“博士，如果没什么事情，我们就先走了，我们还有很多话要说呢”小智随后对大木博士说道，接着就拉着小霞向门外走去。
“哈哈哈哈哈…”
“什么人”小智和小霞还没走出去几步，突然传来一阵很浑厚的怪笑，大木博士听到后立刻看向声音传来的地方。
“居然说幻影神奇宝贝只是一堆数据”大家一起看向声音发出的地方，就看到在研究所的阳台上有一个身披披风，脸带面具的人，“那我就让你看看幻影神奇宝贝的厉害”那个人拿出了一个和荣格博士一模一样的控制器，按下几个按钮后，突然院子里出现了好多神奇宝贝，镰刀盔、多刺菊石兽、化石翼龙、太古盔甲，各种化石神奇宝贝，还有怪力、圈圈熊等力量巨大的神奇宝贝。
“荣格博士，这是怎么回事”看到凭空出现的神奇宝贝群，大木博士质问荣格博士。
“我也不知道怎么回事”荣格博士操纵手里的控制仪器，不过突然就爆裂开来。
“这个幻影领域已经归我所有，我是幻影的主谋者”那个神秘人说道，自称为幻影的主谋者。
“现在怎么办”小遥看着眼前凶神恶煞的神奇宝贝，有点六神无主。
“看来没办法了，小智”小霞拿出了一个神奇宝贝球，随后对小智喊了一声。
“嗯，好久没有一起战斗过了”小智也一边说着，一边拿出了一颗神奇宝贝球，“喷火龙决定就是你了”小智派出喷火龙。
“去吧，我的宝贝”小霞也随后把神奇宝贝派了出来。
“是暴鲤龙，又是一只强力的神奇宝贝”看到小霞的神奇宝贝，小胜吃了一惊，阴阴比姐姐大不了多少，可是差距怎么这么大。
“喷火龙、暴鲤龙，mega进化”小智和小霞对视一眼，小智右手按住左手腕带上的键石，小霞则是右手食指和中指按住胸前悬挂的吊坠上的键石，两股能量分别和喷火龙、暴鲤龙身上的mega石相呼应，能量撕裂开来后，出现在大家眼前的是百万喷火龙和百万暴鲤龙。
“我们怎么办”小遥看到后呆了一下，随后恢复过来。
“我要去把这里的事告诉君莎小姐，这么复杂的事情只有我才能解释清楚”小刚一边幻想着一边说道。
“睁眼说瞎话，我看你是想要去见君莎小姐吧”小霞则无情的拆穿小刚。
“不管了，就这样吧”小刚说完就一溜烟儿的跑了。
“真的没问题”小遥也是对小刚有所了解，所以有点不放心。
“算了，应该会传达到的”小霞无奈道。
“啊—”而就在小智说话的时候，荣格博士被凭空出现的一只化石翼龙给抓了起来，向着屋后飞去。
“荣格”大木博士看到后，一边向前跑，一边向荣格博士伸出手，想要救下荣格博士。
“博士—”不过跑了没几步后，再次出现一只化石翼龙，把大木博士也给捉了起来，小胜喊道。
“百万喷火龙龙爪”小智当然不会让大木博士就这样被捉走，百万喷火龙使用龙爪，向着空中的化石翼龙斩去。
“什么”不过在飞行轨迹上，出现了一只怪力，硬生生的用身体挡住了龙爪，接着就化为一堆数据消失了，幻影的主谋也趁着这个时候离开了。
“小霞，我们上，要赶快救出大木博士，百万喷火龙逆鳞”看到镰刀盔和多刺菊石兽向着百万喷火龙而来，小智立刻让百万喷火龙开始逆鳞。
“百万暴鲤龙龙舞”小霞选择了强化，“水之尾”刚强化结束后，就一击水之尾抽飞了一只太古盔甲，被抽飞的太古盔甲在空中化为了一堆数据。
“龙爪”小智这边也不慢，百万喷火龙一个加速冲到镰刀盔和多刺菊石兽身旁，龙爪劈出，直接打散了这两个数据。
“好强”小胜在一旁惊叹道。
“是啊”小遥也仿佛变成局外人一般，原来小智身旁的人实力这么强，完全不弱于小智，也就只有这样的人才配的上小智，小遥突然有点自卑，自己和小智旅行这么久，好像一点实力都没有，口口声声说下次华丽大赛取得缎带，不过实际上一点信心都没有。
“姐姐，小心”小遥正在走神，没有看到一只圈圈熊向她拍了过去，小遥听到小胜的话后，抬起头就看到眼前一只圈圈熊离自己仅有十厘米，锐利的双爪在太阳光下闪烁着凶煞之气，小遥吓的脑袋一片空白，眼看双爪就要拍到小遥身上的时候，突然圈圈熊变为了一堆数据，是暴鲤龙得龙尾，小遥一屁股坐到了地上。
“你没事吧”小霞从圈圈熊身后出现，拉起小遥，“不要担心，小智不会让我们有事的”小霞笑着说道，“当初的我也是很弱小，小智一直都保护我，不过我不想成为小智的累赘，所以我很努力，现在终于可以和他并肩作战了”小霞帮小遥拍掉身上的灰尘。
“小霞，你之前没这么强”小遥听到小霞的话很吃惊。
“是的，当初的我一点都不比小遥强”体贴的小霞早就看出小遥在看到自己站在小智身旁战斗时的自卑，所以小霞握住小遥的手开导她说，“相信只要努力，一定会很强的”
“真的吗”
“呐”小霞肯定的点了点头，“百万暴鲤龙龙尾”说话的时候，一只怪力冲了过来，百万暴鲤龙一个神龙摆尾就把它打散了。
“我知道了”小遥仿佛下了决心一般，双眼发出锐利的目光，不过一瞬就消失了。
“一起加油”看到小遥振作起来，小霞笑着说道。
“嗯”小遥紧紧的握着小霞的手保证道，而此时的战场上，小智也已经打扫的差不多了，只剩下三只幻影神奇宝贝了。
“这是怎么回事”突然这三只幻影神奇宝贝自己解散了，变为了数据，小胜看到后不阴所以。
“大家小心”而这时被捉走的大木博士带着一只梦幻向这边跑了过来。
“大木博士，你没事吧”小智看到大木博士后立刻问到。
“嗯，不过…”大木博士表示自己没事，随后看向研究所。
“哈哈哈…”
“幻影的主谋者？怎么会是荣格博士”随着一声怪笑，幻影的主谋者再次出现，不过这次没有带面具，而他的身旁也有一只神奇宝贝，小胜看到后不解的说。
“是超梦，怎么会”而小霞看到那只神奇宝贝则大吃一惊。
“不，它不是超梦，是幻影系统所制造出来的”小智一看就知道是怎么回事。
“没错，这是幻影超梦，是最强的神奇宝贝”幻影主谋者说道。
“博士这是怎么回事，还有这只梦幻”小霞发现一切都超过自己的认知，所以问一旁的博士，随后大木博士就向大家解释了，原来一开始幻影主谋者想要大木研究所的研究数据，大木博士不给，不过突然出现了这只幻影梦幻，幻影的主谋者非常痛恨这只梦幻，说是失败品，所以大木博士推断出这个幻影主谋者是荣格，不过荣格用这只幻影超梦胁迫大木博士把研究数据交了出来，而这些数据中不乏小智告诉大木博士关于传说中的神奇宝贝，荣格把所有数据整合，制造出了眼前的这只幻影超梦，是对当年神奇宝贝联盟把他踢出神奇宝贝学界的报复。
“居然会是这样”大家了解到事情的真相后，都非常吃惊。
“我要让你们看看我的理论是多么完美无缺，还有小智，居然说我的幻影神奇宝贝只是一堆数据，那就让你看到它的实力”随后荣格博士就操纵幻影超梦向这边攻了过来，两发铁尾就把百万喷火龙和百万暴鲤龙给打败了。
“暴鲤龙”小霞看到暴鲤龙被打败后担心的喊道，随后把暴鲤龙收了回来，小智也收回了喷火龙。
“说你的幻影神奇宝贝是堆砌的数据，这是事实，皮卡丘你说是你去还是让他去”
“主人，还是让本体去吧，毕竟是他的幻影，也不知道他的指责找没找到”“超梦，让他看看谁才是真正的超梦”小智也有点火大，居然胁迫大木博士，并且打败了自己的神奇宝贝，小智一边说着一边从包里拿出一个信物召唤出超梦。
“又一只超梦”小遥和小胜看到后大吃一惊。
“这只超梦可是真的”小霞解释道。
“我当初复制的神奇宝贝至少还是真正的生命体，虽然我很希望看到自己的同类，不过它只是一堆数据罢了”超梦到来的时候小智就把一切都告诉他了，看着眼前这个和自己相似的神奇宝贝面无表情道，随后一发波导弹发射而出。
“你居然有真正的超梦”荣格看到小智的超梦也是吃了一惊，“不过，它是比不过我的幻影超梦”看到幻影超梦成功用手挡下超梦的波导弹后，荣格说道。
随后就是超梦和幻影超梦对轰，各种技能甩出，不过双方全部都挡了下来。
“可恶，既然这样，就不要怪我了”看到自己占不到上风，荣格操纵起手中的仪器，只见幻影超梦的身上出现好多的头，风速狗、阿柏怪、班吉拉等等神奇宝贝头，随后各种绝招同时发射了出来。
“超梦精神破坏”面对荣格的大招，小智也让超梦使用了精神破坏来阻挡攻击，超梦也不负众望，从身体中辐射处大量的粉红色能量挡住了幻影超梦的攻击，一阵阵烟雾撞击产生。
“小心”就在这时，幻影超梦再次发射了一道破坏死光，不过不是朝着超梦，而是想着小智他们而去，超梦第一时间就发现了，不过自己正在抵抗幻影超梦的其他攻击，无暇顾及。
眼看就要攻击到小智他们的时候，“砰”的一声，有什么东西阻挡住了攻击。
“是梦幻”看到发着绿色罩子帮小智他们挡住了攻击的梦幻说道。
“你这个失败品，不要再来妨碍我了”荣格看到后，生气的双手颤抖，幻影超梦突然撤掉攻击超梦的攻击，一个瞬移就出现在梦幻的前方，一个尾巴抽击，把梦幻抽上了天空，接着两只手上变出两颗头，发射出两道破坏死光，打向梦幻，这一切都在一瞬之间，小智连反应的时间都没有，就看到梦幻被打中了。
“miu——”梦幻在痛苦的叫声中慢慢的变为数据消失了。
“这失败品终于消失了”荣格看到梦幻消失后说道。
“你错了”小智此时低着头，看不清是什么表情，“它不是什么失败品”小智的双眼散发着红光，一脸平静的看着荣格。
“小智”在小智一旁的小霞有点担心，她刚才在小智低头的时候看到小智眼角有亮光闪过，她知道那是伤心的泪水，而现在是小智愤怒到极点的样子。
“真是好笑，阴阴是你看不起我的幻影系统”荣格不以为意的说道。
“它不是你的数据，它是有灵魂的，我相信它并没有消失，它只是到它该去的地方”小智望向天空说道，仿佛梦幻正在那里和他挥手告别，“荣格，你成功的激怒我了，超梦接着”小智向超梦扔出一块圆石，圆石中是白紫色的条纹，正是超梦石“mega进化”肆虐的能量以超梦为中央向四周扩散，引起强大的狂风，把幻影超梦和荣格吹得睁不开眼，而小智则完全不受影响。
“这是…”能量散去，出现的超梦，拥有纤细的身体，拉长的头部，能量得到了大幅提升，成为了种族值最高的神奇宝贝，锐利的双眼闪烁着光芒，荣格有点颤抖，它仿佛感受到了强大的力量，仿佛一下就会被打败一般。
“超梦速战速决”小智对mega进化后的百万超梦说道。
“知道”超梦非常生气，自从听了小智的话，安排好复制神奇宝贝后，然后一直感受神奇宝贝和人类之间的美好感情，可这次却让他看到了人类丑恶的一面，超梦一个加速，使用神速，在幻影超梦还没有反应的时候，就到了它身后，一发近距离的影子球把幻影超梦打向前方，随后再次使用神速，波导弹打出，幻影超梦被打向空中，超梦神速追上，出现在幻影超梦的上空，双手发射出剧烈的粉红色能量，是精神破坏，轰的一声，幻影超梦被打倒了地上，一阵烟雾产生，烟雾散去，就看到幻影超梦躺在一个大坑中，身体正慢慢的变得虚幻化为数据，而荣格的幻影系统也发生了爆炸，庭院中的装置一个个的爆裂开来，彻底报废了。
“不可能”荣格看着这一幕，嘴里喃喃道。
“好了，现在请跟我们走吧，好好赎罪”大木博士看到幻影系统已经毁了，所以对荣格说道。
“不用可怜我，我的幻影系统才刚刚开始”荣格却不领情，转身，走进了正着了大火的研究所。
“荣格”大木博士喊了一声，不过被大火给阻拦住了。
事情告一段落，君莎小姐随后赶来，不过大火扑灭后，却没有找到荣格，小智对荣格博士最后的一句话若有所思，也许之后在什么地方还会再见。
大木博士急着赶回研究所去查看损失的数据，而小霞则是说闭馆一周，所以还有时间陪小智旅行一段时间，小智非常高兴，五人踏上了新的旅途，而晚上，小霞和小遥也叽叽喳喳的聊到了很晚，说着女生之间的小秘密，成为了无话不谈的好朋友，他们旅行还在继续。