在真新镇休息一段时间后，小智打算向城都联盟挑战了，因为他的劲敌小茂已经出发了，小智也想要和他在成都联盟做一个了断。
“小霞，小刚，瑟蕾娜接下来要去城都联盟挑战了，不知道你们要不要一起去啊”这天早上在吃早餐的时候，小智对小霞他们说道。
“我当然会去啦”瑟蕾娜立刻说道“对了，城都联盟在什么地方啊”瑟蕾娜继续问道。
“城都联盟在关东地区的西部，那里有好几个道馆，只要得到徽章就可以参加城都联盟的白银大会了”小智介绍说，“小刚，小霞你们呢”小智随后又问小刚说道。
“那就说可以遇到新的水系神奇宝贝了，那我肯定要去”小霞道。
“反正现在也没事，我也去好了”小刚说道。
“那我们待会儿去大木博士那里和博士、小建说一声再走吧，正好我也安排一下精灵的训练”小智说道。“妈，我要继续旅行了”小智对着一旁的妈妈说道。
“我知道了，去大木博士那里记得帮我向博士和小建问好，我先替你准备东西”小智妈妈笑着说道。
“谢谢妈妈，走吧皮卡丘”小智他们向大木博士研究所前进了。
“博士，我要去城都联盟挑战，来和你说一声，顺便安排一下训练”到了研究所后，小智就对一直忙着研究的大木博士说道。
“是小智啊”大木博士看到小智后说道。
“对了，小智你要去城都联盟的话，那么麻烦你一件事，你到桧皮镇的时候，问一下神奇宝贝球的制作大师钢铁先生研究GS球如何了”大木博士对小智说道。
“我知道了”小智道。
“小智，我会在研究所看你传来什么样的神奇宝贝，你寄放在这里的神奇宝贝我也会好好照顾的”小建这时说道。
“谢谢你小建”小智说道。
“小智，你这次要带什么神奇宝贝啊”大木博士这时问道。
“这次只带皮卡丘和六尾，其它的暂时在这里好了，有时间会传送过来进行交换的”小智想了想后说道。
“小智这是给你的饯别礼，记得记录稀有的神奇宝贝给我，之前的凤王，梦幻，洛奇亚和三圣鸟对我有很大的研究”大木博士拿出一个红色的图鉴说道。
“是新的图鉴啊”虽然小智不用图鉴查看神奇宝贝的资料，但是作为身份证阴还是很有用的，小智接过了图鉴，并把它翻开了“确认ID，拥有者真新镇的小智”图鉴立刻就显示了小智的头像，并且传来电子的声音。
“小智，我们也准备好了”小霞和小刚也打电话安排妥当。
“小智，你们要参加城都联盟，必须先到若叶镇办理相关手续才行，那里被称为开始之风吹拂的城市”大木博士又对小智他们说道。
“我知道了”小智当然知道“好了，我们回家拿东西就要走了”小智随后说道。
“加油小智”大木博士和小建对小智说道。
“妈，我要出发了”回到家后，小智妈妈也把小智的背包准备好了，小智拿好东西后，在门口对妈妈说道。
“小智，新的旅行就要穿新衣服，换上再出发吧”花子拿出了一套新衣服给小智。
“大家等我一下”小智拿着衣服跑上楼去，下来的时候穿着新衣服出来（第一部的衣服）。
“好看吗”小智自恋的转了两个圈，做出了一个帅气的动作。
“好啦~不要臭美了，我们快点出发吧，不然天黑到不了若叶市镇”瑟蕾娜这时候说到。
“也对，妈妈我出发了”
“路上小心”花子对着小智他们挥手告别，小智一行人向第一个城镇若叶镇前进了。
“啊，这棵树刚刚才见过的”就在小智他们快到若叶镇的时候，树林里出现了浓雾，而小刚这时指着前面的一棵树说道。
“真的吗”小霞听到后立刻说道“我们又迷路了要怎么办啊”小霞抱怨的说。
这时皮卡丘突然叫了一声向一个方向跑去了。
“皮卡丘你要去哪里”小智问道，然后跟了上去，而瑟蕾娜他们也在后面跟着。
“小智你看”皮卡丘指了指前面湖中的蓝色神奇宝贝说道。
“那个是水君”小智这时发现水君的存在。
这时水君也发现了小智，看了看小智，然后跳跃着离开了。
就在这时瑟蕾娜脚下一滑。
“瑟蕾娜没事吧”小智看到后也滑了下去。
“没事！这里有一块木牌”小霞走过去发现了一块木牌说道，“若叶镇，开始之风吹拂的城镇”小霞念道。“太好了，我们终于到了”小霞高兴的说道。
“是啊，看来我们应祸得福，我们先去神奇宝贝中心登记吧”小智说道。
“午安”刚到神奇宝贝中心，小刚就跑到前面说道。
“lucky~”不过出来的不是乔伊小姐，而是吉利蛋。
“乔伊小姐呢”小刚失望的问道。
“我是神奇宝贝中心的乔伊”吉利蛋按了一个按钮后，就出现了一个屏幕，而在屏幕上，乔伊小姐说道。
“乔伊小姐”小刚看到乔伊小姐立刻犯花痴了。
“果然长的一模一样”小霞看到后说道。
“现在我正要到空木研究所，大概两个小时就会回来了，请你们大家暂时等一下”屏幕上的乔伊小姐继续说道。
“现在已经三点半了，有点晚了”小霞看着钟上的时间说道。
“我们去空木博士的研究所拜访看看吧，他也是有名的博士”小智这时说道。
“那我们赶紧去吧”小刚则是因为能见到乔伊小姐立刻说道，然后大家就找准了空木研究所的方向出发了。
在空木研究所，小智一行人帮忙解决了小锯鳄被偷案件，打败了火箭队找回了小锯鳄。
“乔伊小姐我要参加城都联盟”小智他们回到了神奇宝贝中心，小智对乔伊小姐说道。
“好，现在开始登记参加城都联盟”乔伊小姐对小智说道，然后小智把图鉴递给了乔伊小姐，乔伊小姐把图鉴塞到了一个机器中，然后机器的大屏幕上就出现了小智的头像，乔伊小姐又开始在机器前敲打键盘，在一个进度条读完后，就听到“真新镇的小智，在此正式承认你参加城都联盟大会”
“好了，这样神奇宝贝联盟的主电脑就有你的记录在上面了，一切都完成了”乔伊小姐把图鉴还给小智说道。
“谢谢”小智收回图鉴说道。
“然后这个是指南书，不要搞丢了哦”乔伊小姐又拿出一本书说道。
“当然不会搞丢了，我会好好珍惜的”不过小刚突然出现把书拿走了，并且把它放倒脸上磨蹭，这让小智他们觉得有点恶心。
“还有要收集八个以上的徽章就可以得到向大会挑战的资格，最靠近这里的道馆是桔梗市的桔梗道馆”乔伊小姐继续说道。
“我知道了”小智说到。
在告别了空木博士、乔伊小姐和君莎小姐后小智他们就向着桔梗市前进了，新的挑战终于开始了。
而在联盟总部的渡正好看到了小智参加成都联盟的信息，对着成都联盟的其他四位天王说道“看样子这届白银大会将会非常精彩”
希巴看到信息后也说到“是不是像会长申请白银大会冠军可以挑战一位成都四天王呢”
“这个可以有，正好也可以看看他的实力进步到哪了”渡说道。
“是他啊，那么这届大会的确会很有意思”这时另一位天王说道。如果小智在这里就会发现他就是浅红道馆馆主阿桔，现在的毒系天王。