这天，小智一行人站在真新镇，花子和大木博士带领镇民们来为小智送行，石英大会即将开赛，小智他们也要开始出发了。
“小智，比赛要努力喔，等你过了淘汰赛妈妈会到现场给你加油”花子为小智整理了一下帽子。
“没问题妈妈，我会把冠军杯带回来给你。时间也不早了，我们也该出发了”小智告别了送别的镇民，朝着石英大会前进。
中午，他们在一块平坦的草原上休息，小刚和瑟蕾娜在一旁做饭，小霞和波克比在玩，而小智和他的神奇宝贝在休息。（小智带着皮卡丘，御三家，比比鸟和暴鲤龙）
“喂，那边的小鬼，神奇宝贝对决敢吗”这时一个头上扎着红色头巾的男生拿出一个神奇宝贝球后指着小智说道，看来是来挑战的。
“正好，我也想检查一下我的训练结果”小智想知道它们进步了多少，对战就是检验成果最好的办法，所以同意了那个人的挑战。
结果很明显，对方派出前三只神奇宝贝都被都被小智的比比鸟击败，最后恼羞成怒，一次放出三只神奇宝贝，被暴鲤龙破坏死光一扫，全部失去战斗能力。
“啊，我的天”，那个人看着一地自己的失去了战斗能力的神奇宝贝，抱着头喊道，然后就跑掉了。
“是对手太弱了”这时一旁吃着饭的小霞对着小刚说道。
“是小智太强了”瑟蕾娜对着小霞说。
“修行还不够”小刚也说出了自己的看法。
“好了啦，不要在意他，我们吃饭吧”小智立刻跑到餐桌边说道，他知道等一下应该有一只快龙过来。果然，等他们吃到一半的时候，突然一只快龙飞了过来，贴着桌子飞了过去，而小智他们的饭也就这样被打翻了。
“你干什么啊”小霞吃痛的爬起来对着一边的快龙喊道，但快龙只是递了一封信给小智。
“信”小刚好奇的问道。
接过信封，小智从里面拿出了一个卡片，然后就出现了一个影像“请原谅我突然给您这封信，你们几位是被认为最有前途的神奇宝贝训练家，所以想邀请各位参加我主人举办的最强神奇宝贝训练家聚会，地点是新岛”然后人消失了，出现了一幅去新岛的地图。
“如果各位愿意前来，请在明信片上打勾，这是最强神奇宝贝训练家的邀请，请您务必参加”然后影像消失了。
“小智，怎么办？要去吗？会不会有危险”瑟蕾娜要问小智的意见，小霞在一旁抱怨快龙，而小刚被刚才的美丽小姐吸引住了。
“既然对方都邀请了，那怎么有不去的理由呢，我也想见识一下其他厉害的训练家”小智说道。
“那就在明信片的Yes这里上打勾”小刚从小智手里接过明信片后说道。
看到自己的任务完成后，快龙就飞走了，去寻找下一个收信人。
在最靠近新岛的最近的城市的时候，天就突然下起了大雨，小智一行人只能朝着港口的等候大厅跑了过去。
“这是怎么回事？刚才天气明明很好的”终于到了港口的等候大厅，小霞一边给波克比擦雨水一边抱怨的说。
“海边的天气就是多变的”小刚也一边拧着衣服一边说。
“不要说了，我们还是快点把衣服弄干吧，免得感冒”小智马上拿出毛巾擦了擦。
“啊？我们的船停航了”这时就听到一个穿红色衣服的男生对着君莎小姐问到。
“那么我们就去不了新岛了”这时一位女生也说道。
然后一群人中就传来了“怎么会”“好不容易接到的邀请”之类的话。
“大家请安静，这位是港口负责人”这时君莎小姐说话了，指着一旁的蓝头发的女士说道。
“我是波伊佳，想了解海洋的情况，就去听听海浪的声音吧，不过也不需要去听了，你们看这么阴沉的天，这样的飓风还从来没见过，而且飓风就盘旋在新岛的正上方，我是不会让你们冒险的，这是身为港口守护者我的请求”这时蓝头发的女士说道。
“因此我们要停航”君莎小姐继续说道。
“不要紧，我的神奇宝贝不怕水，一定可以穿过这片海洋的”这是一边的穿蓝色衣服的稍微胖胖的男生说道。
“请等一下，连最了解海洋的我都说不可以”波依佳听后说道。
“没错，而且如果现在神奇宝贝受伤的话，也无法在神奇宝贝中心接受冶疗”君莎小姐又说道。
“怎么回事”小刚不解的问道。
“神奇宝贝中心的乔伊小姐失踪了，乔伊小姐不在是无法对小精灵进行冶疗的，那边的海报就是寻人启事”君莎小姐指着一边的海边解释说。
不过这根本无法阻挡训练家的热情。可以还是有人不听劝阻，那个红衣服的男生骑着一只比雕，那个女生乘着一只白海狮，而那个穿蓝衣服的男生则是骑着一只暴鲤龙朝着新岛出发了。
君莎小姐正想阻止，被蓝发女士拦住了“没用的，没有人能阻止训练家冒险，我们还是做好应急准备吧”
“好了，我们也走吧”小智带着他们走出大厅，到了海边。
“暴鲤龙出来吧”小智派出了暴鲤龙，然后小智一行人向新岛出发了。
虽然路上的海浪也非常的大，但是现在乘的是暴鲤龙，不是小木筏，所有稍微好一点的。如果遇到特别大的浪，就直接用破坏死光来个洞穿，过了不久，小智等人终于看到了新岛的建筑。
在走到新岛的下面的楼梯口是就看到了那个影像中的女士提着灯等候着他们。
“欢迎光临请让我看看邀请信”上来陆地后，小智收回了暴鲤龙，然后等着他们的女士走过来说道。
“是这个吗”小智拿出那个卡片问道，卡片上又出现了影像“你们确实是我们邀请的训练家”，
“果然是你啊”这时小刚好像发现了什么的说。
“什么”那个人不解的问。
“在港口寻人启事上看到的乔伊小姐”小刚继续说道。
“听你这么一说，还真有点像”小霞听后也说道。（她们不都一个样吗？你以为你是小刚，能分辨出哪里的乔伊小姐。）
“你在说什么”但是很显然，乔伊小姐已经被超梦给催眠了，所以更本不知道小刚在说什么。
“我从出生到现在就在这座城堡里工作了，这边请”乔伊说完后就引导着小智一行人向城堡里走去“其他有邀请函的训练家都已经到了”
小智也不敢做什么，现在他们的一切都在超梦的监控之中，小智知道皮卡丘解封后能打赢，但是现在还不能暴露这张底牌。
在走过了一段很长的楼梯后，小智等人终于到了一间明亮宽敞的房间里。
“那里，就是全部已经到达的训练家们。”一进屋子，乔伊小姐就看着前面桌子旁的三位神奇宝贝训练家，然后对小智等人说道。
“只有三个人啊”看到这么少的人，小霞感慨的说，“刚才那些人呢”想到好多都向这边赶来的训练家，小霞不解的问。
“无法穿越风暴的训练家，就不是最强的训练家，就算邀请他们也没有用”听到小霞的问题，乔伊小姐解释说，“请放出神奇宝贝后入座，你们是被选中的训练家”然后又对着小智等人说道，说完后，身后的们就自动关上了。
“小智，会不会有麻烦”瑟蕾娜低声的在小智面前说。
“不用担心，一切有我”小智拍了拍瑟蕾娜的肩膀，然后放出神奇宝贝，大家就这样抬头挺胸的向前走去。
“你们也来了啊”走到桌子前，就听到穿红色衣服的男生打招呼说。
“你是”小刚问道。
“我是飞过来的，对我的比雕而言，那场风暴根本不算什么，各位，打招呼吧”然后一边的飞天螳螂、沙瓦朗、妙蛙花、穿山王和铁甲犀牛就叫道。
这时一边的暴鲤龙叫了起来，“这是我的暴鲤龙，我是骑着它穿越海洋的，这点程度的风浪小意思”这时一边的穿蓝色衣服的男生说道，而他的神奇宝贝是暴鲤龙、水箭龟、水精灵、哥达鸭、尼多后和海刺龙。
“我的神奇宝贝是它们”那边的唯一一位女生这时也说道，然后就看到了胖可丁、烈焰马、九尾、白海狮、霸王花和喷火龙。
“这是我的神奇宝贝，请多多指教”小智很谦虚的回了礼，不过他后面的神奇宝贝有些就不那么谦虚了，发出吼叫，给人一种无形的压力。
“这个人好强”这是大家给他的评价。
这时突然灯灭了，然后就看到前面的螺旋状建筑中间出现了一道亮柱。
“各位久等了，最强的神奇宝贝训练家，即将现身”乔伊小姐这时说道，然后就看到从上面下来一个东西，超梦要登场了。
“没错，这位就是最强的神奇宝贝训练家，以神奇宝贝形态出现，超梦先生”在超梦落地后，乔伊小姐继续说道。
“超梦”小霞听后口中重复的说。
“什么…神奇宝贝是神奇宝贝训练家，哪有这种事”穿蓝色衣服的男生听后立刻说道。
“不行吗，我的规则由我来定”这时从乔伊的嘴里传来了超梦的声音。
“心电感应”小刚听到后，惊讶的说，然后蓝色衣服的男生就被超梦用念力给扔了出去。
“搞什么，暴鲤龙破坏死光”掉到水中后，男生立刻对着自己的暴鲤龙下令说，暴鲤龙立刻使用了破坏死光，可是被超梦和它更本不是一个等级的，只是手轻松一挥，破坏死光返还了回去，暴鲤龙被打上岸。
“真轻松……，没有你的事了”这时超梦解除了对乔伊小姐的控制。
小刚立刻跑过去接过倒下的乔伊小姐，然后乔伊小姐醒后，也从超梦那里知道了自己被抓来只是为了超梦的城堡。
“我曾经想和人类一起生活下去，可是我失望了，人类是比神奇宝贝更低等的生物，如果让人类那种容易利欲熏心的生物来支配，这个星球就会完蛋”然后超梦就开始了它的见解。
“那只是你个人的看法，不能代表所有人”小智说到。
超梦摇着头通过心电感应说道“为什么，因为这个星球被人类所支配着，为人类所活的神奇宝贝是无法胜任的”超梦继续自问自答的说道。
“我不依靠人类，我只是喜欢和训练家在一起”皮卡丘很不认同超梦的观点，上前去理论。
“你说什么，你并不是依靠人类，而是和自己喜欢的训练家在一起”超梦把皮丘的话翻译出来说道。
“是的”皮卡丘点头叫道。
“你和他在一起就已经是大错特错了”然后超梦就说道，随后超梦的眼睛发出蓝光，然后皮卡丘就被控制住了，飘了起来。
“放开我”皮卡丘也看这家伙很不爽，不过超梦的念力很强，皮卡丘费了很大力气才挣脱它。
“哼~软弱的神奇宝贝才会亲近人类”而这时超梦则是继续说道。
“你说的不对，我会让你见识一下我们一起努力的厉害”小智决定解除皮卡丘所有的束缚打败超梦。
“想要决斗吗？很有意思”超梦听后说道，随后就看到地面上突然出现了三个空洞，“以成为训练家为目标的人都会有初始的神奇宝贝，小火龙、杰尼龟、妙蛙种子，这些是我做出来的他们的进化型的复制品。如果你们想证明，那就打败它们”超梦一边说着，然后就看到三个空洞里出来的是一只喷火龙、水箭龟和妙蛙花。
“复制品”女生训练家惊讶的重复说道。
“就是这些”那个穿红色衣服的训练家也很吃惊的看着。
随着一阵轻微的晃动，外面出现了一个对战场地，“竞技场？要进行神奇宝贝对战吗”小刚看到后惊讶的说道。
“我有妙蛙花”，穿红色衣服的训练家这时说道，“巴娜”而妙蛙花也随后叫了一声。
“我有水箭龟”，蓝色头发训练家也说道，“咔咪”水箭龟也大叫了一声。
“最后就交个我的喷火龙吧”那个女生随后说道。
“第一个对手是谁”大家来都对战场的后，超梦这时说道。
“我是不会输给你的”在妙蛙花上场后，他的训练家就说道，而这边在超梦的示意下，复制品妙蛙花也上来擂台。
“去吧，使用飞叶快刀”男生训练家上来就让妙蛙花使用飞叶快刀来攻击，而妙蛙花也快速的把好多的叶子甩出向复制品妙蛙花攻去。
“藤鞭”而超梦给出的口令则是比较的简单，让妙蛙花使用了藤鞭，然后就看到复制品妙蛙花伸出两条藤鞭，快速的把飞叶快刀给打破了，并且随后也把妙蛙花给卷了起来，并且甩了出去。
他的训练家就立刻担心的跑过去查看妙蛙花的情况去了。
“下一个是我，去吧水箭龟”看到妙蛙花败了之后，蓝头发训练家就让水箭龟上场了，而这边超梦也让水箭龟上场了。
“水箭龟水炮”水箭龟使用水炮来攻击，可是这边的复制品水箭龟开始使用了高速回转把水炮给破开了，并且把水箭龟也撞了出去，水箭龟撞到了墙壁上不行了。
“水箭龟”蓝头发也担心的去看水箭龟了。
“喷火龙喷射火焰”女生的喷火龙和对面的复制品同时飞起后，“看来是数据给与他们经验”喷火龙巨大的火柱就向复制品打去，不过对面速度很快，一下就躲开了，随后对面也是一发喷射火焰。
“避开使用劈开”女生还是让喷火龙避开，避开了复制品的攻击后，喷火龙双手变成白爪，朝复制品加速飞过去。
“火焰漩涡”超梦这时给复制品下令了，旋转火焰向着喷火龙冲了过来。结果被火焰漩涡打飞出去。
“不用想就是这个结果”超梦对这个结果很满意，不过随后就出现了几个黑色的宝贝球，把水箭龟，妙蛙花和喷火龙收了进去。
小霞四人立刻把宝贝球装进了背包，而波克比也被小霞藏在了背包了，不过另外三个人就没这么的好运了，在他们要反应过来要收回其他神奇宝贝的时候，已经被黑色宝贝球收走了。
“超梦，这是什么意思”小智黑着脸说道。
“你怎么可以抢走别人的神奇宝贝呢，你这是违反规则”红衣服的男生看到自己的神奇宝贝都被抢走了，很生气的对超梦喊道。
“抢？不，我是要用它们来复制出更强的神奇宝贝，而且这里的规则由我来定”不过超梦则是理直气壮的说道，然后手一挥，大量的黑色神奇宝贝球飞了出来。
“那我就打败你，各位上”喷火龙它们围成一个圆圈，这是小智为了以后遇到向大量神奇宝贝围攻时做出的防御阵型，这样可以更好的保护彼此，喷火龙、水箭龟、妙蛙花、比比鸟、暴鲤龙拖住那些神奇宝贝，皮卡丘解开封印大干一场。
“暴鲤龙，比比鸟破坏死光”暴鲤龙和比比鸟两道破坏死光合成一道，直逼超梦，超梦不得不开启防护罩挡下这招。
“喷火龙，水箭龟，妙蛙花，使用三系誓言”这是很好的机会，小智当然不会放过。
3三只精灵齐声一叫，几根根火柱、草柱、水柱登时拔地而起，呈现三角形的阵势将超梦包围起来！超梦的防护罩难以维持下去，被打破了。
“皮卡丘高压电击”小智用波导解开了皮卡丘的封印并乘胜追击。皮卡丘像一道闪电，撞在超梦肚子上，超梦被撞飞了，将地面砸出一个大坑。
正当大家松了一口气时，坑中传来怒吼声“你们把我逼火了，都去死吧，精神爆破”强大的念力波动从超梦身上爆发出来，将周围的一切都带走。
喷火龙它们直接被念力波动震飞，黑色神奇宝贝球也乘机将它们全部收走，除了皮卡丘。
“皮卡丘全场打雷”小智在一边挡着风沙，一边让皮卡丘全场打雷破坏所有的精灵球。
“为什么你总是和我做对，我无法饶恕你，小智”超梦使用了超能力把小智控制住，将他推飞了出去。
“小智”这一切来的太突然，大家跟本没有做出反应。就在小智以为要摔下去的时候，一个粉色的泡泡接住了小智，并且安全降落了。
“这是…”又出现了一只没见过的神奇宝贝，瑟蕾娜他们很是迷茫。
“梦幻，传说中的神奇宝贝，资料不详”瑟蕾娜掏出的图鉴说到。
“梦幻，我终于见到你了，现在就来决定谁才是正牌的，梦幻和我谁比较强，原本的你们和我们相比，谁跟强”看到梦幻后，超梦很是激动，想要和梦幻对决，“我们就是为了比原来更强而创造出来的”
“谬~谬~…”
“真是的，真的就是真的，复制品就是复制品，不适用绝招而以身体互相打击的话，是不会输给复制品的”火箭队这时也上来了，通过喵喵的翻译知道了梦幻说的话。
“你竟然说真的就是真的”梦幻的话根本是火上浇油，成功激怒了超梦，双方打了起来，而神奇宝贝们也打了起来。
“这到底是为了什么”看着神奇宝贝互相攻击，都不躲避已经伤痕累累了，瑟蕾娜看向小智，然后的问道。
“看样子没办法了，皮卡丘使用电闪雷鸣结束他们的战斗吧，然后用钢铁尾巴把超梦和梦幻打下来”这一刻，小智想都没想，直接让皮卡丘使出大招结束战斗，并停止超梦和梦幻的战斗。
“超梦，不管你们是复制体还是本尊，你们都不过是神奇宝贝，都活在这个世界上，为什么一定要牺牲生命来证明自己的存在”小智抬起头看着超梦，超梦突然觉得小智的眼神很悲哀。
“皮卡丘，我们离开这里吧”小智平静的说，平静的让人有点害怕。
“那个男孩说的对，我和你都是存在的，都是神奇宝贝”超梦好像被小智的真心感动了，对梦幻说道，“也许没人知道这件事情最好了”
然后在大家的目光下，复制品神奇宝贝都飘了起来，超梦和梦幻带着它们离开了，“我们去别的地方吧，去寻找真正的意义”
这时所有人的脚下突然出现了白光，然后大家就不明所以的回到了港口，不过乔伊小姐回来了。
“哎~没有找到那座岛真的很可惜”小霞她站在岸边说到。
“是啊，真可惜”小智也附议。不过他有波导力量保护，没有被消除记忆，而瑟蕾娜她们就完全不记得。
“好了，我们也准备准备参加石英大会吧”小智又对大家说，然后三人就向石英高原走去，相信明天会更加美好，而超梦也会过得很好。