为了向下一个道馆出发，小智三人毫无目的的游荡着，这一天他们走到了人烟稀少的森林，这里环境优美空气清晰，让他们流连忘返。说白了，他们又迷路了。
“我们又迷路了”小智感叹到。“真是的，我们再这样乱走下去，怎么走都走不到枯叶市的”小霞也抱怨道。“好了，不要抱怨啦，再抱怨我们也不能直接到的”小刚表示万分理解。（废话，他带的路）
就在这时，小霞发现了一只正在喝水的走路草“好可爱啊，就由我来收服吧，去吧海星星用水枪”虽然走路草能力不行，不过对于可爱的神奇宝贝女孩子总是非常喜欢的。
海星星水枪攻击把走路草打晕了“去吧神奇宝贝球”，小霞看准时机丢出了宝贝球，可就在这时一根藤鞭冒出来将宝贝球击飞，原来是一只妙蛙种子。
“这只妙蛙种子为什么会干这种事”小霞不解的问道
“妙蛙种子这是误会，小霞只是想收服这只走路草，不是要伤害它”小智知道他的关东御三家都是被抛弃的神奇宝贝，所有对人类都抱有不好的态度，所有用波导向它解释。
妙蛙种子一开始愣了一下，很快反应过来了，用藤鞭打飞了海星星，然后带着走路草跑了。
“怎么跑掉了，不过那只妙蛙种子为什么要救走路草”小霞不解的问道。
“不知道，不如我们往前看看吧”在一旁的小刚也很不阴白的说道。
因此小智一行人继续朝着前方行进着，一路上碰到许多陷阱，例如断桥，掉进陷阱里，被网吊到树上等，由于小智知道剧情，加上敏捷的身手，避开了所有陷阱，不过小刚还是因为踩断木头，掉下桥去，被水冲走。
“小智现在怎么办啊，小刚掉下去”小霞焦急的问道。“没事的，我们去下游看看吧”小智知道小刚会被救起来，所有不担心。
他们来到了神奇宝贝疗养院，看到一栋房子在那，就在小智准备敲门的时候，两根藤鞭打中了小智的手，小智转头看到了是之前的妙蛙种子，妙蛙种子走到小智前面并怒视匆匆的看着他们。
这时小木屋的门打开了，出来一个女生“妙蛙种子别闹了，我相信他们不是坏人”这个女生瞪了一眼妙蛙种子，妙蛙种子知趣的走进了木屋。在门外的小智看见了木屋里全部，有许许多多的小精灵。“你们好，请问你们有什么事吗”她对小智一行人问道。
“你好，我是来自真新镇的小智，现在正在进行神奇宝贝训练家的旅行，不过现在迷路了，还有你有没有看到一个眯着眼睛，一脸衰相的人”小智很懂礼貌的回答说。
“我叫小霞，来自华蓝市”小霞也介绍道。
“小智，你这样说就不对了”小刚从里面出来说道，“你应该问有没有见过一个有小麦色皮肤，非常成熟的人才对，是不是啊小翠小姐”小刚单膝跪在小翠面前。
“呵呵~”“主人，这也太自恋了吧”小智和皮卡丘表示不怎么认识他。
“好了啦”不过小刚一说完，就被小霞拽着耳朵走了，看来她也受不了小刚的花痴。
“小刚先生刚刚说过了，我叫小翠，非常高兴遇见你们”女生很恬静的回答说。
“哇，好多神奇宝贝啊，这些全是你的神奇宝贝吗”这时小霞看到里面有好多神奇宝贝问道。
“不是我的，其实这个地方有点像神奇宝贝疗养院，有许多精灵在战斗中受伤或者被抛弃，这些心灵上或身体上受到伤害的神奇宝贝就会来到这里疗养”小翠听了小霞的话则解释道。
“这么说来小翠是神奇宝贝中心的护士喽，就你一个照顾那么多神奇宝贝，忙的过来吗”小霞听了小翠的话后说道。
“你又误会了，我还没有那个资格成为神奇宝贝护士，简单来说我用的是民间疗法，神奇宝贝在这个地方不用作战，它们可以慢慢疗养自己的伤势，跟同伴一起生活，还有妙蛙种子帮忙，所以没那么忙”小翠继续为小智一行人解释道。
“那外面的陷阱是用来做什么的”小霞不阴白会什么会有陷阱问道。
“我为了不让神奇宝贝训练家靠近这里，才和妙蛙种子做了一些机关，那只是自卫而已，这里受伤的神奇宝贝太多了”小翠听到小霞的话说道，知道他们被陷阱害过，所以非常的不好意思。
“原来如此，如果不介意的话，我们也来帮忙可以吗”这时小刚复活回来说道。
“真的吗，因为神奇宝贝太多，有时太忙我也会出一些差错，真的谢谢你们帮忙”小翠不断像小智一行人鞠躬。
小智和小刚处理这些事情得心应手，而皮卡丘则安慰那些受伤的神奇宝贝，而小霞就有点那个了，不是拿错药，就是包扎的时候太紧或干脆包成木乃伊一样，不过好在有小智的指点，才没有出什么大问题。
这时外面一声巨响，小智他们跑出去看到一个巨大的机器停在了疗养场的前面。
“这是什么机器啊”小翠很不解的问道。
“火箭队经典台词”“皮卡丘使用打雷”没等火箭队的台词说完，小智就出手了。
“我们可是做好了防电措施的喵”“这里所有的神奇宝贝，我们全部接收了”武藏这时回答道。“受伤的也要，我觉得你们不如抓只野生的好”小智吐槽到。“好像有道理呀”小次郎附议到。“少啰嗦，先抓走这些，再抓皮卡丘喵”同时那个机器伸出一只管子，开始吸气。
“大家快躲进屋里”而小刚也打开小屋的门喊道，而就在这时“不行啊”小霞看到一只走路草被吸飞起来了担心的喊道。
就在走路草快要吸进去的时候，突然出现了两根藤鞭抓住了它，妙蛙种子艰难的向屋子前进，小智则掏出宝贝球去帮助妙蛙种子，就在这时火箭队加大了吸力，他们以为成功在望的时候，妙蛙种子跳上了屋顶，用藤鞭把管子打偏了，而小智也趁这个时候出来了。
“美纳斯使用破坏死光打穿它”美纳斯直接洞穿机器，机器发生爆炸，火箭队又飞了，还是原来的配方。
“大家都平安无事，真是太好了”“刚才好险啊，不过有妙蛙种子在，这个村子就安全啦”而小智也看着妙蛙种子，虽然对战斗热情没那么高但是能力还是很强的，特别是调节精灵矛盾的时候，以后自己的精灵之间虽然少有摩擦，但是为了以防万一，所以还是要收服它。
小翠看出了小智的想法，抱着妙蛙种子说“要是不嫌弃的话，你可以带他走哦，妙蛙种子牺牲自己，帮助这里的神奇宝贝，但是继续下去的话，他会成为井底之蛙的，如果它继续留下来，它是不会成长的，所以我希望你可以带妙蛙种子到外面的世界去”“可是小翠，就你一个人能照顾那么多神奇宝贝吗”小霞有点担心这个村子，于是说道。
“妙蛙种子在保护这个村子方面确实有很多的贡献，但是神奇宝贝们是不能够永远停留在这个地方的，有些神奇宝贝的复健早就已经结束了，可是因为住在这里太舒服了，它们竟然不愿意回到外面的世界去，我希望它们恢复健康以后，能够回到原来的地方去，希望这里的神奇宝贝们能够回到大自然当然了，如果有受伤的神奇宝贝过来，我会尽力的治疗它们的，但是在治疗它们以后我希望它们回到原来的地方，这就是我的愿望，所以我希望你带妙蛙种子到外面的世界，它不是那种一辈子待在这里的当保镖的神奇宝贝，他应该还可以更叫的成长茁壮的，妙蛙种子有属于他的活跃的场所，对吧，小智”小翠看着所以的神奇宝贝说道，并且最后对小智说。
“我阴白了，我一定会让妙蛙种子成为厉害的神奇宝贝的，这里我也会让大木博士想办法解决的，等解决完这里的事情你可以去大木博士那里继续治疗其他神奇宝贝的”小智同意了并对小翠提出建议。
“你想当我主人必须拿出实力来”这时妙蛙种子叫了起来。小翠正想解释时，小智止住了她的话并说到“我阴白你的意思，来吧”
“巴大蝴就决定是你了”小智决定使用巴大蝴，而这时妙蛙种子使用了藤鞭左右开弓打向巴大蝴，而巴大蝴巧妙的避开藤鞭攻击。
妙蛙种子没想到对方那么厉害，马上使出飞叶快刀，“巴大蝴，用烈暴风吹飞飞叶快刀后使用念力把他扔出去”小智决定收服妙蛙种子同时训练巴大蝴。
巴大蝴迅速使用烈暴风把飞叶快刀吹散，并且使用念力把妙蛙种子来回扔出来，不一会妙蛙种子就失去战斗能力了。“去吧宝贝球”小智丢出了神奇宝贝球，成功收服了妙蛙种子。
“我收复到妙蛙种子了”“我们又增加新的同伴了”小智捡起了妙蛙种子的宝贝球，做了个招牌动作。
小智收服到了妙蛙种子后和小翠告别了，然后踏上了去枯叶市的道路。