李鸿基到达重庆的第三天，永宁宣抚司奢崇明又派人前去重庆索要军饷。
“巡抚大人，我家指挥使派小的前来催饷，下面的士兵都饿的嗷嗷直叫。我家指挥使大人说了，大人要是再不给军饷，发生什么事情了可就怨不得他了。”一个士兵在徐可求面前嚣张的说道。
巡抚徐可求淡淡的看了看眼前的士兵，“你们的饷银本官已经给你们早早的拨过去了，你们一直前来讨要，到底是何居心？”
“如果想要饷银，就让你们的指挥使奢崇明亲自过来，现在你再多说一句，本将就斩了你！”李鸿基冷冷的说道。
这个士兵看着面前面生的将军，心里也打了鼓，行了个军礼后转身就出去了。
“唉，看来战事要起了。”徐可求心忧的说道。
“怕什么，想造反的迟早要造反，咱们已经做好了准备，等着他来就是了。”李鸿基淡淡的说着，徐可求和黄守魁也点了点头。
奢崇明的士兵回去后，给奢崇明添油加醋的禀报了一番，气的奢崇明拔刀斩向了面前的桌子，“看来银子是弄不到手了，既然你不给，那我就自己取。”奢崇明狠狠地说道。
“来人，集合部队，本指挥使要训话。”
过了一柱香的时间，奢崇明的部队集结完毕，奢崇明站在高处，“兄弟们，兄弟们都是有家小的人，家里都在等着咱们拿钱回去养一家老小，现在，朝廷欺我们，不紧不给军饷，还处处为难我们，这日子过不下去了，今天，本指挥使欲带领大家去找巡抚衙门给大家讨一个公道，大家有没有胆子随本指挥使出兵！”
“愿追随将军起兵，起兵，起兵！”底下的士兵都发出震天的声音。
“那好，大军准备，开拔！”
在附近暗中调查的锦衣卫着急了，看来上面的预感是真的，这名锦衣卫赶紧转身抄近路去重庆传信了。
这名锦衣卫走出一段距离后。来到一处隐秘的地方，骑上藏着的快马，来到重庆，“紧急军报，紧急军报！”
守城士兵将他带上城内，正好李鸿基在城头巡视，便让人将这名锦衣卫带了上来，“什么情况？快快道来！”李鸿基焦急的问道。
“启禀将军，永宁宣抚司指挥使奢崇明起兵造反了，带领2万大军正往重庆杀来。”
李鸿基心道，果然如此，“传令，关闭城门，所有士兵上城，备战！”
过了一会儿，得到消息的徐可求和黄守魁也来到了城头，“李将军，奢崇明果然起兵造反了？”
“是的，刚刚接到锦衣卫密报，奢崇明起兵2万，正往这里杀来。”
“唉，派人去成都传信吧！战争还是来了，老百姓又要受苦了。”徐可求面露不忍之色。
“该来的总会来的，解决了心怀异心之人，老百姓才能安享太平，难道徐大人对朝廷最近的政策没有信心？”
“朝廷最近下的各项政策本官也有耳闻，都是为国为民的好事，陛下有此雄才，我大明兴盛指日可待。”
“嗯，的确是。”李鸿基和黄守魁也默默点头。
过了两个时辰，奢崇明调集兵马两万到了重庆城下。
“城上的人听着，我乃永宁宣抚司指挥使奢崇明，朝廷欺负我等，不给我们活路，今日本将军起兵来讨个说法，不想白白受死的，就打开城门，本将保证不杀尔等！”奢崇明在城下大声喊道。
“奢崇明，你这宵小之徒，竟敢辜负圣恩，起兵造反。陛下圣明，早已察觉你的反意，特命本将从西安过来镇守，没想到你竟然真敢来攻城，现在下马投降，本将军饶你不死！”李鸿基在城头回应着。
奢崇明看着城上陌生的将领，心里有点发虚了，朝廷难道真的知道，已经做好了准备了？自己上当了？可是已经走到了这一步，开弓就没有回头箭了。
“想让本将军投降，做梦！来人，攻城！”奢崇明对着身后下令！
身后的传令兵令旗一挥，士兵便带着攻城器械开始攻城。
“等他们靠近了再放箭！”
“放箭！”看着下面的叛军已经进入弓箭的射程后，李鸿基下令道。
下面的叛军瞬时有了伤亡，冒着箭雨，叛军将攻城云梯竖立到城墙上。
然后便开始了拉锯战，一个时辰后，叛军伤亡惨重，却始终未攻上城墙。
“大人，看来对方准备充足，我们一时之间难以的手，以末将看，不如暂时退去，攻打其他的地方，等我们聚集了大量士兵后，再来攻打！”奢崇明的副将说道。
“嗯，只好如此了，下令退兵，攻打其他的地方。”
随着一阵退兵的锣声响起，叛军开始撤退了。
城头上的李鸿基长出了一口气，看样子重庆应该是守住了，现在就等援军到来，然后合围叛军。
奢崇明退兵后，与副将分兵攻占新都、内江、纳溪，泸州，遵义等军事重镇。因为当地的许多士兵都是土司的部族，等奢崇明收拢大量的降军后，又从其他地方招募了一部分土司部族，一时之间兵力达到了6万，这又给了奢崇明极大的自信。
再看贵州这边，水西安氏首领安尧臣突然发病死亡，其子安位年幼，由安位寡母奢社辉（奢崇明之妹）摄事，大权掌握在奢社辉与安尧臣之弟贵州宣慰司同知安邦彦之手。奢社辉和安邦彦听到奢崇明起事，举起反旗。占领毕节、安顺、沾益等地。一时间西南地区土司纷纷响应。
奢崇明先后攻陷了新都、遵义、内江、纳溪、泸州等几十个州县和卫所，然后逼近成都。
当时成都已经接到重庆的通知，左布政使朱燮元下令秦良玉带兵抵抗，然而这个时候，成都护城河已经干涸。奢崇明麾下士兵通过其土为山的办法躲避官军攻击，并在高处用弓弩射击城内。秦良玉派张献忠带人深夜出城火烧奢崇明军营，又引都江堰之水灌满护城河，奢崇明一时之间难以攻下，双方陷入僵持。
奢崇明强攻成都失败，与此同时，秦良玉先后拿下了奢崇明部队占据的观音寺、青山寨等几个大寨，这几个大寨至此得以解围。
水西安氏实际上的当家人安邦彦，派军围攻贵阳，贵阳全城官员在当地巡抚的带领下，奋勇抵抗，安邦彦暴跳如雷，于是将贵阳城外军民的坟墓都挖了出来。此时，贵州巡抚王三善派兵解围贵阳，安邦彦见攻不下贵阳，便率军撤退。
安邦彦撤军后，率军与奢崇明会合，两军合二为一。
奢崇明自称大梁王，安邦彦自称大长老。合力围攻永宁。经过一天的攻城后，永宁城破，叛军入城烧杀抢掠一番，然后大军暂守永宁，此时叛军的兵力已经达到13万人，可以说是聚集了西南地区大部分的土司。
赵率教此时带领大军正在加紧赶路，在永宁城破时，终于赶到了成都。
在成都城外，安顿好大军后，赵率教带领李定国进城，朱燮元带着秦良玉，张献忠出来迎接。
“赵将军，可把你给盼来了。”朱燮元看见赵率教过来，先打了个招呼。
“相必这位应该是左布政司朱燮元朱大人吧，末将来迟，累的朱大人迎接，末将受不起啊。”赵率教也打了个哈哈。
“哈哈，好了，不必互相吹捧了，咱们先进城，先办正事如何？”
赵率教拱了拱手，“听朱大人的吩咐。”
说完，赵率教安排大军原地休息，然后随着朱燮元进城了。
过了一会儿，众人来到朱燮元的府邸，互相问了好便落座了。
“朱大人，不知现在叛军的情况如何？”
“根据最新的消息，奢崇明和安邦彦汇合了，已经攻占了永宁城，西南各地土司纷纷响应，现在叛军已经聚集13万的大军了。”朱燮元有点忧心忡忡的。
“好快的速度啊！没想到，西南的土司都选择了背叛朝廷，是可忍，孰不可忍！看来陛下的担忧是正确的，不过也好，正好可以趁此机会，彻底解决掉西南的隐患。”
“哦，难道陛下已经预料到这种情况的发生了？不知道陛下有何高见？”朱燮元疑惑的问道。
“来之前听说陛下和内阁等众位大人已经探讨过了，这种情况的出现在陛下的预料之中，等彻底击败叛军后，这里将会彻底实行改土归流政策，只象征性的委任一名当地有声望的土司担任主官，剩余的官员全部都有朝廷委派。另外还要将各地土司名下的土地强制分配给土司治下的百姓，这样，土司的百姓念着朝廷的好，就不会再跟着土司起兵造反了。”
“嗯，不错，如果击败了叛军，这样的机会倒是可以有此作为。”
“现在叛军据守永宁，而永宁又是奢崇明以前的大本营，当地的百姓可以说多是他的支持者，我们现在攻击会增加许多不必要的伤亡，而且当地的百姓也不支持我们，现在对于我们来说有点被动啊。”秦良玉将军发出了感叹。
“叛军的粮草是否充足？”赵率教问道。
“叛军奢崇明先后攻陷了新都、遵义、内江、纳溪、泸州等几十个州县和卫所，截获了大量的粮草。后又与安邦彦汇合，而安邦彦也带来了大量的粮草，只是将军沿途汇集了四方响应的土司，而这些土司并没有多少粮草，而他们的人数巨量增加，粮草的消耗也是以前数倍。所以，现在他们剩余的粮草应该支撑不了他们多长时间，最多两个月，他们就会陷入断粮的境地。”秦良玉将军回道。
“两个月？时间太长了，两个月的时间咱们自己的粮草都要消耗完了，再从其他地方运过来消耗也很大，现在国内各地都缺粮食，陛下也不会允许咱们这里持续这么久的时间。”赵率教说道。
赵率教说完后，众人陷入了一阵的沉默。
“这样吧，本将军率领大军围困永宁叛军，秦将军，张献忠，你们带领军队先将周围其他地方的叛乱平定，所有土司不服者杀！拒不投降者杀！”赵率教说道。
“赵将军，如果允许一些不坚定的土司投降是不是也能减少我们的损失？”
秦良玉到底是女将军，还是有点心软。
“现在对于我们来说没有那么多的时间去分辨他们是否真投降，即便现在他们投降了，如果他们再反叛又该如何？我们总不能一直将时间和精力放在这里吧？”赵率教说道。
“可是如果全部杀了，那当地的百姓会更加的仇恨朝廷。”秦将军说道。
“那这样吧，普通士兵暂时关押，头领全部斩杀！”赵率教冷冷的说道。
看着赵率教的样子，秦良玉也没有多说什么，能保下大部分的普通士兵已经很不错了。
“另外，派人通知李鸿基，率麾下骑兵在外面寻找机会清扫小部分的叛军。”赵率教对着后面的亲兵说道。
“谨遵将军令！”
说完亲兵便出去传令了。
“现在，本将军派大军在永宁城外各个军事要点驻扎，你们也出发去清理其余的小型叛军，待清理完周边后赶来与本将军汇合！”赵率教下令道。
“谨遵赵将军令！”